El órgano superior de administración de APAP lo constituye la Asamblea de Asociados, como órgano máximo de toma de decisiones de la entidad. Más abajo, como órgano encargado de administrar y dirigir la actividad de la Asociación se encuentra la Junta de Directores, que a su vez dispone de órganos de apoyo denominados comités. Actualmente la Junta de Directores tiene seis Comités de Apoyo: Auditoría; Nombramientos y Remuneraciones; Estratégico; de Gestión Integral de Riesgos; y de Cumplimiento, Gobierno Corporativo y Ética y de Seguridad Cibernética y de la información. La Junta de Directores canaliza la ejecución de sus decisiones a través de la Presidencia Ejecutiva, que a su vez representa el más alto cargo y responsable de la gerencia de la entidad.
De su lado, la labor gerencial de la Presidencia Ejecutiva, como autoridad máxima de la entidad, integra la supervisión directa y control de varios órganos inferiores: Vicepresidencia Ejecutiva de Negocio Personas, Vicepresidencia Ejecutiva de Negocio Empresas, Vicepresidencia Ejecutiva de Tesorería, Vicepresidencia Ejecutiva Digital y Experiencia del Cliente, Vicepresidencia Senior de Operaciones y Tecnología, Vicepresidencia Senior de Transformación, Talento y Sostenibilidad y Vicepresidencia Senior de Finanzas, Estrategia y Administración.
Por otra parte, la Vicepresidencia Ejecutiva de Auditoría constituye un órgano que reporta de manera directa del Comité de Auditoría y la Vicepresidencia Senior de Riesgos, Legal y Cumplimiento reporta de manera directa al Comité de Gestión Integral de Riesgos de la Junta de Directores.
Adicionalmente, APAP cuenta con ocho Comités de Alta Gerencia para garantizar que la toma de las principales decisiones gerenciales no sea adoptada por un solo ejecutivo, de conformidad con lo establecido en el Reglamento de Gobierno Corporativo, dictado por la Junta Monetaria el 2 de julio de 2015. Estos son: Comité Ejecutivo y de Tecnología, Comité de Crédito, Comité de Cumplimiento, Comité de Activos y Pasivos (ALCO), Comité de Transformación, Comité de Crisis, Comité de Precios y Comité de Productos y Mercadeo.